L'article 2, § 4 de la Charte des Nations Unies interdit tout recours à la force dans les relations internationales. Selon l'article 3, alinéa a), de la résolution 3314 (XXIX) de l'Assemblée Générale de l'ONU du 14 décembre 1974, constitue un acte d'agression
l'invasion ou l'attaque du territoire d'un Etat par les forces armées d'un autre Etat, ou toute occupation militaire (...) ou toute annexion par l'emploi de la force
.
L'"intégration" de Timor-Est à l'Indonésie s'est faite à la suite d'une pétition remise au Président Suharto par une "Assemblée Représentative Populaire" formée "par consensus et consentement" - et non pas élue - et un "Gouvernement provisoire" formé après l'invasion. Une telle pétition ne saurait remplacer une consultation populaire (par exemple, référendum d'autodétermination). La présence militaire et les circonstances clairement coercitives de cet acte font qu'on peut parler d'annexion par l'emploi de la force au sens du paragraphe précédent.
En réalité, on ne peut parler d'acte d'agression qu'envers la puissance coloniale de l'époque, Timor-Est n'étant considéré comme Etat indépendant ni par l'ONU, ni par la résistance. Ce que l'on peut dire, c'est que l'agression indonésienne porte atteinte au droit fondamental d'un peuple à l'autodétermination, avec la circonstance aggravante que ce peuple avait entamé un processus de décolonisation (arrêt sur Timor Oriental du tribunal permanent des peuples, p. 245).
L'envoi de "transmigrants" indonésiens à Timor-Est viole l'article 49 commun aux quatre conventions de Genève de 1949. On estime qu'entre 150 000 et 300 000 Indonésiens sont actuellement présents à Timor-Est, sur une population totale d'environ 850 000 personnes.
a) Terres. Au mépris des conventions de Genève et de La Haye, l'Indonésie applique sa législation foncière à Timor-Est. Au delà de l'illégalité même de cette mesure, il s'agit d'une confiscation de fait de la propriété privée par la puissance d'occupation.
b) Ressources naturelles. L'Indonésie les exploite depuis 1976 par l'intermédiaire de compagnies "privées", dont PT Denok, contrôlées par certains militaires. Par ailleurs, l'Indonésie a signé en 1989 un accord avec l'Australie pour l'exploitation commune du pétrole et du gaz naturel de la "fosse de Timor" (considérée comme l'un des 25 plus riches gisements du monde). Le Portugal a attaqué sans succès l'Australie devant la Cour internationale de justice de La Haye (l'Indonésie ne reconnaissant pas l'autorité de la Cour...). On peut mentionner que le Conseil National de Résistance Maubere (CNRM) a également attaqué le gouvernement australien devant les tribunaux de ce pays, de nouveau sans succès.
L'Indonésie impose à Timor-Est sa langue et son système éducatif, au mépris de la culture et des traditions de la population. Ceci participe de l'ethnocide et viole probablement les conventions de Genève.
La Convention du 9 décembre 1948 sur la prévention et la répression du crime de génocide définit celui-ci comme l'ensemble
des actes commis dans l'intention de détruire, en tout ou partie, un groupe national, ethnique, racial ou religieux, comme tel:
a) meurtre des membres du groupe,
b) atteinte grave à l'intégrité physique ou mentale de membres du groupe,
c) soumission intentionnelle du groupe à des conditions d'existence devant entraîner sa destruction physique totale ou partielle,
d) mesures visant à entraver les naissances au sein d'un groupe,
e) transfert forcé d'enfants du groupe à un autre groupe.
Les témoignages de réfugiés, notamment devant la Commission et la Sous-Commission des Droits de l'Homme des Nations Unies, mais aussi des lettres du clergé catholique de Timor-Est, attestent que ces caractéristiques se retrouvent toutes dans le traitement de la population par l'Indonésie depuis son invasion. On peut tout particulièrement rappeler que plus de 250 000 Timorais sur une population de 700 000 personnes en 1975 auraient trouvé la mort au cours des 5 premières années d'occupation, à la suite de meurtres, de bombardements et de famines provoquées. On rappelera également que l'Indonésie consacre nettement plus de moyens financiers par habitant au contrôle des naissances à Timor que dans l'île de Java.
On peut ajouter que de nombreux actes perpétrés par l'Indonésie correspondent à la définition de "crime de guerre" et de "crime contre l'humanité".
La 4ème convention de Genève interdit à une puissance d'occupation de faire des prisonniers politiques, et de transférer des membres de la population du territoire occupé sur son propre territoire. L'Indonésie est coupable des deux violations, comme on l'a vu notamment lors des procès de Timorais suite au massacre du 12 novembre 1991, et lors du procès de Xanana Gusmão.
Pratiques courantes de l'armée indonésienne à Timor-Est, elles violent les articles 31 et 32 de la quatrième convention de Genève du 12 août 1949, le protocole II de 1977 et la convention du 10 décembre 1984 interdisant la torture.
Il convient enfin de mentionner qu'outre le droit international, l'Indonésie viole son propre droit interne, notamment au cours des procès politiques faits à des Timorais.